Papeda tak akan lengkap tanpa keberadaan ikan kuah kuning, si pendamping setia. Meski memiliki kuah encer tanpa santan, ikan kuah kuning cukup kaya rasa. Ini karena bumbu yang digunakan cukup variatif. Ikan yang digunakan untuk masakan ini biasanya ikan tongkol, kakap, kembung, gabus, maupun ikan kue. Ada yang lebih suka ikan dengan tekstur daging yang padat karena tidak mudah hancur ketika dimasak. Ada pula yang suka ikan bertekstur lebih lembut karena lebih nikmat ketika disantap. Pilihan ikan tergantung selera masing-masing.